Edward et Alphonse sont deux frères qui ont tenté de ressuciter leur mère. Cet échec a coûté un bras et une jambe à Ed, et tout le corps à Al. Ed réussit cependant à enfermer l'âme de son frère dans une armure. Quelques années plus tard, Ed, devenu alchimiste d'état, est à la recherche de la pierre philosophale qui permettrait de rendre à Al son corps. Mais au cours de leur quête, ils sont confrontés aux homonculus, de puissantes créatures au pouvoir étrange aussi intéressées par la pierre philosophale. .