Adaptée des romans éponymes de Philip Pullman, la série se situe dans un monde dominé par le Magisterium, un organisme gouvernemental régi par l'Eglise. Dans cet univers fantastique, chaque être humain possède un Daemon, sorte de créature représentant notre âme et conscience sous forme animal. Lyra, une jeune orpheline rebelle, vit à Jordan College, un des établissements de l'Université d'Oxford. Lorsque son meilleur ami disparait, Lyra décide de partir à sa recherche.