Mikan Sakura, une jeune fille de 10 ans, devient dépressive suite au transfert de sa meilleure amie, Hotaru Imai, dans une école spéciale pour les « Génies » à Tokyo. Après avoir entendu les rumeurs horribles qui courent sur cette école, Mikan décide d’aller chercher elle-même Hotaru, et constate que l’école n’accepte que des élèves possédant un « Alice », un pouvoir propre à lui même (comme lire dans les pensées, voler, ....). À sa propre surprise, un professeur de l’académie, Narumi, découvre qu’elle possède elle aussi un Alice unique et arrange son admission à l’école...