Rien ne va plus dans la vie d'Owen depuis que son père est mort en prison, accusé d'un crime qu’il n’aurait pas commis. Au lycée, le garçon fait la connaissance de Monroe, un informaticien qui lui propose d’utiliser l’Animus, une machine qui permet, grâce à l’ADN, d’explorer le passé de ses ancêtres. Owen accepte..