L'année scolaire touche à sa fin pour les élèves du collège Comte-de-Phénix. Tous s'apprêtent à retourner chez eux pour se remettre de leurs émotions. Célandine, Haruko et Alejandro, vont voir leurs projets prendre une tournure inattendue après avoir reçu un mystérieux e-mail de Watson, le vieux bibliothécaire de l'école. Il n'avait plus donné de nouvelles depuis plusieurs mois, mais vient de leur adresser un message sibyllin que les enfants vont s'empresser de décoder. Après quoi, tous trois s'envolent pour le Japon pour retrouver Watson.