Okujo Miharu est un simple élève discret. Un camarade et un professeur vont lui révéler qu'il détient un pouvoir puissant et dangereux. Pour mieux le protéger, ils le poussent à intégrer leur groupe de ninjas, ce qui devient inévitable lorsqu'une guerre éclate. Okujo entre dans le monde caché des Nabari pour y devenir roi des ninjas.