A la fin du XVIe siècle au Japon, le village de Iga résiste seul aux troupes du seigneur Oda Nobunaga. Pour venger le meurtre de sa soeur et de leur père, Hana Attori, apprentie ninja quitte Iga pour affronter les hommes d'Oda, en compagnie de son ami Goro, du vieil artificier Fumo et du sorcier poltron Shifu.