Shiita est une petite fille comme les autres, sauf qu'elle possède une étrange pierre bleue, vestige d'une cité volante (Laputa). Pour protéger ce trésor, elle sera aidé par Pazu. Ensemble ils vont tenter de percer l'énigme de la pierre magique et de retrouver le mystérieux château de Laputa qui flotte dans un coin très secret du ciel.