A Cheesebridge, une ville huppée de l'époque victorienne, la principale préoccupation de ses habitants est le luxe, la distinction et la crème des fromages les plus puants. Sous le charme de ses rues pavées, se cachent les Boxtrolls, d'horribles monstres qui rampent hors des égouts, la nuit, pour dérober ce que les habitants ont de plus cher : leurs enfants et leurs fromages. C'est du moins la légende à laquelle les gens de Cheesebridge ont toujours cru...