Les aventures d'Usagi Yojimbo, lapin samouraï qui défend les intérêts des justes et des faibles dans le Japon féodal. Alors qu'Usagi se démène pour que Jotaro, son compagnon de voyage, ignore son secret, leurs pas les mènent entre les griffes du clan des ninjas Neko et de la ligue des assassins Koroshi...