Satsuki Kiryuin n'est pas seulement la déléguée en chef des élèves, elle règne littéralement sur tout le lycée de l'Académie Honnôji, ne se séparant jamais de son katana. Mais une nouvelle élève, Ryuko Matoi, avec une étrange lame en forme de ciseau, va se mettre en travers de son chemin. Mais ce n'est pas parce qu'une histoire commence de manière classique qu'on peut en prévoir la fin.